Lúc chấp nhiệm ở Sarawak, Brooke mở cuộc cải cách toàn bộ, sắp xếp lại phép cai trị, chuẩn định luật lệ, và củng cố vương quyền cùng xúc tiến việc đánh dẹp hải tặc. Khi về Anh nghỉ dưỡng năm 1847, ông được trao giải "Freedom of the City" của thành phố London. Triều đình Anh thì bổ Brooke làm tổng lãnh sự Anh tại Borneo và phong tước hiệp sĩ "Knight Commander" của Order of the Bath (KCB).

Trước khi lên tàu trở lại Borneo vào Tháng Tư năm 1853 thì Brooke gặp nhà bác học Alfred Russel Wallace rồi ngỏ lời mời Wallace sang Sarawak.[6] Wallace nhận lời và ròng rã suốt tám năm kế tiếp, Wallace đặt trọng tâm nghiên cứu khoa học tự nhiên vùng quần đảo Mã Lai, khám phá được nhiều sự việc và trở thành nhà bác học lỗi lạc nhất triều Victoria. Brooke cũng có công trong đó vậy.

Vai trò của Brooke trở thành đề tài tranh luận vào năm 1851 khi xuất hiện một số cáo trạng cho rằng Brooke lộng quyền, nhân danh việc việc đánh dẹp thổ phỉ hải tặc mà giết hại người bản địa. Giới chức Anh phải phái người sang Singapore mở cuộc điều tra vào năm 1854 song không tìm thấy chứng cớ gì để buộc tội Brooke cả. Dư luận thì vẫn có lời dị nghị bắt lỗi Brooke.[7] Brooke thì cảm thấy bực bội, thu xếp giấy tờ để trình ra bằng chứng cho ủy ban điều tra và biện minh cho chính mình.[8]

Trong thời gian cai trị Sarawak, Brooke phải đối diện với cuộc nổi loạn của thổ dân do Sharif Masahor và Rentap cầm đầu. Loạn thợ mỏ của người Hoa năm 1857 cũng gây khó khăn[9] nhưng rồi cũng bị dẹp.